La qualità ecologica delle acque del Panaro è buona, ma solamente nel tratto di montagna. A Spilamberto e a Modena risulta appena sufficiente e a tratti scadente a causa dell’influenza di attività agricole e scarichi. Scendendo la qualità peggiora ulteriormente, diventando stabilmente scadente a Bondeno.

E’ quanto emerge dai dati dell’arpa sui fiumi modenesi nel biennio 1999-2000. Lo stato ambientale dei corsi d’acqua viene definito secondo cinque livelli: elevato, buono, sufficiente, scadente e pessimo.

Analogo risulta il percorso del Secchia: le acque sono buone fino a Castellarano, diventano sufficienti a Rubiera, dopo l’immissione dei torrenti Rossenna e Tresinaro, quindi scadenti verso la conclusione del percorso.

Pessime o scadenti sono le acque del Naviglio, nonostante il depuratore di Modena e del torrente Fossa a Spezzano.

Dai dati della rete di monitoraggio sui corsi d’acqua minori emerge che la situazione dei torrenti montani, affluenti del Panaro, sta peggiorando rispetto agli anni precedenti, a causa degli scarichi diffusi e della scarsa portata. Migliorano invece le acque di alcuni affluenti del Secchia, come il Rossenna e il rio Cervaro; è scadente invece la qualità del torrente Cogorno.

I rilievi delle acque superficiali sono stati eseguiti tramite prelievi mensili in 16 stazioni di monitoraggio sui fiumi principali e da 36 stazioni sparse lungo torrenti e canali in tutto il territorio provinciale.

Complessivamente sono presenti sul territorio modenese 511 scarichi, di cui 82 (tutti quelli di maggiori dimensioni) dotati di depuratore biologico; 272 sono trattati con una fossa di sedimentazione. I restanti 157 scarichi non vengono depurati, ma sono tutti di ridotta portata e rappresentano appena il tre per cento della quantità totale delle acque reflue.

In provincia di Modena sono tutti in montagna i comuni che, pur avendo una fossa di sedimentazione, non possiedono un depuratore: Fanano, Fiumalbo, Montefiorino, Pievepelago e Prignano.

A Pievepelago il nuovo depuratore è in costruzione; a Fiumalbo è in fase di progettazione ed è inserito tra le priorità per i fondi statali, mentre a Fanano è iniziata la fase di progettazione.